真鳄亚目(Eusuchia)起源自白垩纪 ,它们特征是具有球窝关节, 内鼻孔被上腭的翼骨完全包围 ,真鳄亚目(Eusuchia)包括短吻鳄总科(Alligatoroidea) , 鳄总科 (Crocodyloidea) 及长吻鳄总科 (Gavialoidea) 。长吻鳄总科 (Gavialoidea) 于白垩纪坎帕阶(Campanian)兴起 , 它们是第四支向海洋进军的鳄类 , 包括长吻鳄科 (Gavialidae)及一些已灭绝的原始属种 , 长吻鳄科 (Gavialidae)下分长吻鳄亚科(Gavialinae),马来鳄亚科(Tomistominae)及已灭绝的沟鼻鳄亚科(Gryposuchinae) , 三者大概是在始新世时期分化 , 长吻鳄亚科(Gavialinae)及马来鳄亚科(Tomistominae)两者最大的差异在于鼻骨 , 长吻鳄亚科(Gavialinae)的鼻骨被前颌骨分隔 , 马来鳄亚科(Tomistominae)则有狭长的鼻骨 , 两者都各仅存一种 。
最早期的长吻鳄总科 (Gavialoidea)成员是晚白垩纪至古新世的胸甲鳄属(Thoracosaurs) , 它们时常被看作是马来鳄亚科(Tomistomine)成员 , 因为胸甲鳄属(Thoracosaurs)鼻骨和前上颌骨上存有一些祖征表现出和马来鳄属(Tomistoma) 有关。但分析上显示胸甲鳄属(Thoracosaurs)和长吻鳄属(Gavialis)关系要较接近。
最早期的长吻鳄总科 (Gavialoidea)成员是晚白垩纪至古新世的胸甲鳄属(Thoracosaurs) , 它们时常被看作是马来鳄亚科(Tomistomine)成员 , 因为胸甲鳄属(Thoracosaurs)鼻骨和前上颌骨上存有一些祖征表现出和马来鳄属(Tomistoma) 有关。但分析上显示胸甲鳄属(Thoracosaurs)和长吻鳄属(Gavialis)关系要较接近。