十二窍论
它是研究天地万物之形成及其发展变化的规律，以及运用这些规律指道人类返朴归元的一门人天科学。天地未形成之前，宇宙一片混沌，无日无月，没有人和万物，只有三元存在。三元是宇宙间的原始物质。三元的运动极化规律是生、化、返，这也是天地万物的变化规律。元，其大无外，其小无内，是极细极微极妙的物质，不受时间和空间的限制，可以出入于有无之间。三元学将其简称为元，即古人常说的道。 自古以来，中国古代先哲们一直都在研究道，乃至形成各家学说。道家以“数”起论，有金木水火土之说，以研究天道；佛家以“缘”起论，有生老病死苦之教，以研究人道；儒家以“德”起论，有仁义礼智信之言，以研究世道；三元学集三家之精华，以“心”起论，有净定观运真之戒，以研究人天科学（亦乃人天之道）。
太极图是运用阴阳学说来阐释天地万物。三元图则将阴阳学说向前推进了一步，揭示了三元的生、化、返的规律：阴阳（生），阴中阳、阳中阴（化），真阴真阳（返）。 -
三元图认为：宇宙的原始物质是元气、元光、元音。在功法变化中，均以三元为对象进行研究和实践。自然的、内在的三元运动，产生了无形无象和有形有象的运化，具体落实则是阴阳的运动。阴阳学说认为，混沌初开，分阴分阳，于是产生了天地。三元学认为，三元生化“清升者为天，浊降者为地”，正如《元秘篆》中所说：“丑地人寅子生天。”子丑寅的发展变化称为会，子会一阳生而“天”生，丑会一阴生而“地”成，阴阳的交合而产生新的体系，寅会阴阳相合于中而有“人”出。人生存于宇宙之间，头顶天，脚踩地，这种“顶天立地”的形式揭示了人与天地间的密切关系。三元功法通过修炼，将人天（自然界）重新连成整体。 -
天有三宝日、月、星；地有三宝水、火、风；人有三宝精、气、神。三元图高度概括出天地人原始三宝是气、光、音。“三三寓九”就是三元外景图所揭示的人天机理。天地的运动，物质的演化，产生了先天和后天的概念。人出生后，重在后天，因此世人只重视有形有象的运动，而忽视了无形无象的运化。这也是导致近代科学局限性的原因之一。 -
三元图的运化，对先天和后天运化的奥秘有所揭示。天地生于有，有生于无。万物有象化无象，无形生有形。天有阴阳，人有性命。性为情感、欲望、思维等主观意识；命为五脏六腑、经络、气血等客观运动。人体五脏属阴，六腑属阳。阴阳化合本性真，通无化有万象明。 -
一年有十二个月，正月至六月属阳，七月至十二月属阴。人有十二经脉，贯通五脏六腑，连接十二修真窍穴。 -
天地每月都有两个节令，如正月有立春、雨水……，一年共二十四节气。炼功也须把握节气之阴阳。初一一阳生，十五一阴生，阴阳转化，节令应时而生，人体顺自然，自然亦应时而化。三元功法的修炼，以脊锥的二十四骨节（相当于督脉）来配二十四节气。炼功到了化炼的阶段，三元就会沿着脊椎向上一步一步地贯通。 -
天地阴阳生化无穷。与天地相应，人体也有阴阳之分。
胸腹部属阴为任脉，上有“三田一宫”等窍，即上丹田、中丹田、下丹田和膻宫；
背部属阳为督脉，上有“三关一门”等窍，即玉枕关、夹脊关、尾闾关和命门；
由“阴阳精合太极中”而形成中脉，上有“三庭一殿”等窍，即上黄庭、中黄庭、下黄庭和黄金殿；