嗯~~ 从照片来看那种亲密度, 性别应该不是秘密了. 那上厕所和洗澡都是进男生的吗? (诶嘿嘿福利) 但是制服依旧是女生的~ (体育课体操服那张萌出一脸血!) 这样真的没关系吗? 还是说超高校级的同学们都是大好人, 完全可以宽容这种小细节...
然后关于Alter Ego的开发剧情, 刷好感的话第一章就能出现进不二咲房间的剧情, 就是说已经开发完成了. 那江之岛和战刃有没有了解人工智能小不二咲的事情呢? 还有一开始不二咲就说他的PDA(pad自重)不见了~ 难道PDA里已经移入了Alter Ego在宿舍二楼被毁了?
退一万步想, 在进入学园之前Alter Ego理应入侵世界网络才对, 或许不二咲还有挽救的可能... =A= 好吧, 监督让不二咲被他的好cp杀了..
Zero还没看, Zero方面可以解答什么吗?

文中貌似交代了。。。两年里他早就坦白了。。。。

大家应该是知道不二咲是男孩子的……那张不二咲大和田和桑田的一起照的照片多少可以作为作证。这么亲密搂在一起，不太可能是在认为不二咲是女孩子的前提下做得出的行为。
ZERO里没有关于不二咲的内容。
至于关于AE的猜测，这个还是等LZ补全了全部剧情之后再讨论吧。

你标题就剧透了

两年的学院生活，连塞蕾丝叫安广多惠子都让大家知道了，想必千寻的性别应该也早就说明了。

至于穿女装。。。大概是大家默认的吧。。。