假肢在使用中，当做人体的一个器官，成为整体的一部分。假肢的装配、使用不合适，不但会引起残肢本身的问题，而且有时会引起某些其他部位问题。长期穿用不合适的假肢一般可能引起以下几种疾病：
(1)残肢承重部位皮肤摩擦损伤：多见于残肢的骨突起部位。开始皮肤表面发红，再重可以起水泡，表皮擦伤。长期使用不合适的小腿假肢，在腓骨头部位可引起滑囊(由于长期接受腔壁对骨突起部位皮肤的摩擦，形成一个肿物)，当出现红、肿、热、痛时则称滑囊炎。对这类问题应以预防为主，随时注意残肢皮肤损伤情况，及时发现，及时寻找原因，及时解决。这类问题多由于残肢接受腔不合适引起，有时也可能因为穿戴不合适引起，还可能由于残肢肌肉萎缩而骨突起过于明显引发，一般需要请假肢技师调整接受腔以求解决。少数截肢者残肢骨末端生有骨剌亦常引起局部疼痛和皮肤摩擦伤，需要手术切除治疗。
(2)残肢的皮肤病：多由于没有做好残肢和假肢接受腔内清洁卫生工作，由细菌感染引起毛囊炎或各种霉菌引起皮癣。对这类问题亦应预防为主，做好残肢、残肢袜、接受腔清洁工作。如发现皮肤病需停用假肢，及时治疗。
(3)残肢肌肉萎缩和血运障碍：残肢的某些肌肉被切断后不再运动，使用假肢又经常受压，因此长期使用假肢后，残肢肌肉会越来越萎缩。肌肉萎缩会引起残肢血液循环变差，残肢凉而容易引起残肢痛、幻肢痛。为防止肌肉萎缩，截肢者应注意经常做幻肢运动练习。一般截肢者都保留了幻肢感(参见问题4)，幻肢运动练习中，大腿截肢者可以练习幻想中的持续用力地伸膝、屈膝，每次伸膝或屈膝都要持续用力10秒以上；小腿截肢者可以练习幻想中的用力抬起脚背和用力往下蹬脚的动作。此外，小腿截肢者应注意尽力将残肢接受腔调整到能全面承重或全面接触。对使用带膝铰链、大腿上勒的小腿假肢者还应注意不要把大腿上勒的中间皮带系得太紧，以免影响残肢的血运。
(4)残肢末端软组织淋巴郁滞性炎症：现代的下肢假肢接受腔多为密闭的，如果残肢与接受腔能全面接触则一般不会出现问题，如果残肢末端与接受腔底有空隙，当提起一次残肢。由于假肢向下移动，接受腔的空隙变大，就出现一次负压，相当于做了一次中医治疗中的拔火罐，时间稍长残肢末端软组织会出现红、肿、压痛，称为淋巴郁滞性炎症。对这类问题也是预防为主，要求所有大腿或小腿假肢密闭式接受腔必须做到与残肢的全面接触。如果不能做到全面接触就不要强求做密闭式接受腔。对已出现郁滞性炎症的患者，建议及时停用假肢，用弹力绷带包扎(参见问题16)，必要时可以配合热敷或某些物理治疗。
(5)脊柱侧弯和腰痛：多为下肢假肢装配的长度不合适。过长或过短都会引起截肢者站立时骨盆倾斜、腰椎侧弯，时间一长就会引起腰痛，应及早发现，及早请假肢技师协助调整。一般要求健肢和假肢等长，大腿假肢可短些，不应超过1厘米。