名师指教 少年成才
方琼家庭出身很好，自小就受到了良好的教育，习文学武均从名师。方琼诗赋方面得到了苏轼、黄庭坚（父方琳同龄好友）等名家的点拨。方琼天资聪颖，但少年时的方琼好动、顽皮，祖父方白允挚爱孙子，不仅将自己多年前编的“兵学研究”交给孙子，还常带方琼访一些武学名家，时常到御拳馆观摩。方琼叔父方玠也是好武之人，对方琼习武也有指点。但父亲内心非常反对儿子习武，因宋朝重文轻武，乃对琼甚严，家教鞭恒悬于堂。琼于哲宗元佑二年（公元1087年）中得举人（主考经义、诗赋、律义等），时年，方琼19岁。
哲宗元佑六年（公元1091年）23岁登进士。主考经义、诗赋。与方琼同榜的进士还有马涓、朱谔、张坚庭、宗泽、黄叔敖（分宁人，今修水）等人，方琼和宗泽，疾书长篇痛斥国防、农业、官僚等弊病，宗泽被列进士榜倒数第一名，方琼名列二甲，均授官职。在京城时，宗泽、方琼、周同等为好友。授宗泽京东路馆陶县尉，授方琼兴元府（今陕西省）、河中府（今山西省）辖下县事择一任职，方琼并没上任，其祖父方白允去世（享年92岁），琼随父方琳在荆湖北路通城县梓木里节制守孝。
1095年到1099年间，方琼携妻汤氏遍访天下名山名士，到访鄂州、洪州、潭州、岳州、均州、扬州、苏州、杭州、相州等地名山名湖，拜访天下各地文武名士，如黄庭坚、李清照（女）、周邦彦、李之仪、周同、宗泽等。

出任兵部尚书
元符二年（公元1099年），方琼到河北西路相州府、京西北路陈州府等地任职，后升给事中、中书舍人、工部郎中等职。
徽宗政和六年（公元1118年）任兵部待郎，徽宗宣和二年（公元1120年），方琼任兵部尚书。宋朝的兵部其实并没有多少实权，主要是起草一些各地兵营文书、粮草往来、中下等兵种嘉奖、训练新军等，曾短暂出任兵部尚书的苏轼曾言此职无权：“武选隶于天官，兵政总于枢辅，故司马之职，独省于文书。”也就是说，实际兵权归于枢密院。
方琼主政兵部，虽有报国之志，奈处处受制于当时的制度和机构设置：“京师之内，有亲卫诸兵，而四城之外，诸营列峙相望，此京师内外相制之兵此。府畿之营，云屯十万之众，其将副视三路者，以虞京城与天下之兵，此此府畿内外相制此。非特此，凡天下之兵足皆内外相制也。” 亲卫兵直属于皇帝指挥，也是北宋时期最大的兵团，兵营则是驻派各路各边关的重兵，仅次于亲卫兵团，各府也设兵营，形成三者相制。
方琼在兵部任职，多次提出强化军队训练、各兵团应建立快而猛的骑兵营、远而准的弓箭营、增强边境防备、重用青年军官等一系列强军方案。在战北辽、降宋江、平方腊起到了一定的作用。方琼在兵部尚书仅一年多的时间里，在重疾缠身的北宋后期，还算是保证了兵部的“清醒”运作。

访好友周同 赠书岳飞
方琼在任兵部待郎职时，再访武术名师河北西路相州府周同。周同，字光祖（1040年—1119年）陕西华州潼关人，人称“陕西大侠铁臂膀周同”，少年习武，称三国姜维的传人，文武兼修，后拜少林派武师谭正芳为师，武功十分了得。曾在京师御拳馆任教头，力主抗辽金，因年老后辞官，在相州府刘光世军营做了幕宾。
方琼曾在京师御拳馆就曾多次拜访过周老，又与宗泽等同为好友，此次前来，是来向刘光世和周老请教新军训练、粮食供给、边境布防等事宜。
周同知自己时日无多，向忘年好友方琼推荐了他的义子岳飞，方琼对年仅16岁的岳飞甚是喜爱，本有意荐军营任职，只是岳飞年纪尚小，只好待日后武术学成，参军报国。方琼赠岳飞《武经七书》等兵书数本和祖父方白允的行军布阵手稿。方琼归京后数月，周同逝世。

丁忧守制 远离政治
徽宗宣和三年（公元1121年），平定了方腊起义后，朝廷中一些有见识的官员们辩论和研究方腊起义事件，方琼等人深刻分析原因，谏撤销“花石纲”和主持“花石纲”的机构应奉局，将有限资源转投增强国防军队建设上。
对于外患辽金，北宋和金已签盟约，夹攻辽。方琼书万言上陈徽宗，告诉徽宗这盟约最多能保证我朝二、三年的和平，要高度警惕金，金狼子野心或更甚于辽。只有加强我国新军训练、提拨年青有才干的将领、加强边防防备，才可能真正获得和平。并对童贯的行军打仗能力提出了质疑，谏请重用王禀、张叔夜、种师道、张思正等将领，并附带表扬了小将韩世忠等年青小将。对蔡京父子提出了强烈的批评，谏重用李纲、宗泽等人。徽宗是书法、诗词的天才，却对治国是个白痴，方琼敢于反对徽宗最为倚重的宦官童贯（太监），无异于自断前途。徽宗竟然将此书转交童贯，童贯对方琼痛恨之极，童蔡请徽宗将方琼贬职于京外，徽宗听从，将方琼贬于偏远的利州路巴州。
徽宗宣和三年秋（公元1121年），贬职文书初下，将要上任，方琼老家传来恶耗，父亡故，母病危。方琼父亲方琳逝世（享年87岁），按宋制，当守孝三年，方琼辞官，远离朝政。父亲晚年信奉佛教，琼遵父遗愿，将父方琳葬于龙泉里清真寺后。方琼在老家荆湖北路通城县梓木里（今通城县黄袍）开始了3年多的丁忧守制。

创办书院 开设武学
徽宗宣和四年春（公元1122年），从忙碌的朝廷政务突然闲置下来，方琼情绪低落。母亲钟氏见方琼终日郁郁寡欢，就提议方琼种田园、办学堂。方琼应命。
方琼在梓木里新庄村（今石港村）附近办起了一个书院，对穷人孩子一律免收学费。并在学堂侧另僻一间，陈放方家三代所有购得的书籍，免费供附近和周边三县的学子借阅。
方琼在书院后开垦了二三亩地，教学之余且弄菜园，可以让孩子们吃到新鲜的蔬菜。读书、教学、种地、写诗、练剑，方琼的生活充实了很多。“解组辞朝归故乡，荣迁甲第落新庄。龙蟠宝盖千年盛，虎踞磨刀万代昌。左排龙印藏金鲤，右列鸡笼罩凤凰。祖德宏深应不朽，儿孙世代绍书香。”这是方琼在故里通城黄袍期间作的一首《新庄自吟》，其中新庄、龙印、金鲤、鸡笼、凤凰皆为通城黄袍当地地名，由于朗朗上口，被当地人广为流传。其他大部分诗作失传。
同年四月，辽军在芦沟桥大败宋军二十万，死伤殆尽。信息传到通城，如此惨痛的战况，让方琼痛心疾首。在岳州府曾任武师，现已年迈的叔父方玠跟方琼讲，我国正处于外敌频扰之际，光教育孩子们读书识字还不够，应该让孩子们文武兼修，习兵法练武术。而且，光招收年幼的小孩子还不够，还要让成年男子在农闲之时也来学习文字武术。方琼对叔父的提议很是赞同，但叔父毕竟年事已高，何人来教呢？方琼想到了同乡徐福（曾是武举人，被贬回乡），即安排叔父方玠任武术总指导，由徐福任武术总教头，由曾习练过武术的二子方晞等人任教官。至于文字学习方面，方琼招募了当地的金炯秀才为教书的老师。
徽宗宣和五年（公元1123年），方琼扩办学堂，在崇阳县、蒲圻县、分宁县（今修水、武宁）、岳州府、平江县等地又开设十多处分学堂，以通城学堂规模最大。李隐、李富、罗棋、罗田、张灿、金大禄、金二禄、吴基、刘蒙、杨玄德、夏真、黄巍等一批秀才和武术教官前往学堂助教。
宣和七年春（公元1125年），师生已达六千之众，其中习武的青壮男子也有二千之多。

高宗下诏 修建忠祠
建炎元年，康王被拥为宋朝皇帝，史称南宋高宗。高宗下旨，将方琼归葬于通城县城东四十华里的龙印桥象形山，石刻多块，一石刻兵部尚书四字，一石刻镇夷将军四字，一石刻方琼生平，一石刻一门三尚书简介。1977年田园化时象形山墓被土淹，迁葬方家村汤管山，2004年重修古墓，占地15亩，列入县级文物保护单位。
高宗建炎二年（公元1128年），宰相李纲上书，“靖康之祸，有仗义死节者，请加赐恤，”高宗皇帝下诏修建忠臣庙，赐“元老名家”牌匾于方琼子孙，文官见字落轿，武官见字下马。忠庙建于通城县黄袍山鸡呤岭（雷吼村），斯地山峦起伏，胜景颇多，庙前有路往来崇阳通城二县，故忠臣庙建于此。由知通城县事尹仲主持修建。清代康熙四十四年，通城县令辛禹昆主持在在原址重修忠庙。清雍正年间，知县周琪奉宪将琼祀入县忠孝祠，立方琼殉难碑、方琼雕像于通城县城东门，定祠生一员，世主祀事。
柰以沧桑屡变，忠庙早毁，而庙址犹存，于1994年重修，修复忠臣庙其面积为两百多平方米，分上下两幢，八室二厅，正堂位列迪、琳、琼三公石雕塑。今又于公元2013年由方琼后代方小桃女士为首捐资在原址重修，名方琼纪念馆，近处福隆寺并入，馆寺合二为一，面积约七百多平米。馆前有尚书池，馆后有将军岩，侧有香客房。
在北宋时期，黄袍山狮菇尖（又名八仙峰）的山顶曾有一塔，名会仙塔，南宋时为纪念方琼改名琼公塔，现已不知所踪，山顶现仅有一处百余平米的平地。在白水岩瀑布顶端右侧的怪山峰上有一名石：试剑石，相传为方琼听闻金兵来犯时怒劈所成，现在在怪石峰还可找到裂痕笔直的数石。

这是我祖宗