首先方孝儒一事据我所知是存在争议的，其次就算是真的，魏征对于唐太宗和方孝儒对于明成祖是有本质区别的

还有、、众位卿家的用词你是几个意思？！你以为你是皇帝啊、、、

魏征后来下场如何

就方孝孺那个蠢货

魏征被逮后骂过李世民？
旧唐书 列传第二十一 ○魏徵
世绩得书，遂定计遣使归国，开仓运粮，以馈淮安王神通之军。俄而建德悉众南下，攻陷黎阳，获徵，署为起居舍人。及建德就擒，与裴矩西入关。隐太子闻其名，引直洗马，甚礼之。徵见太宗勋业日隆，每劝建成早为之所。及败，太宗使召之，谓曰：“汝离间我兄弟，何也？”【徵曰：“皇太子若从徵言，必无今日之祸。】”太宗素器之，引为詹事主簿。
新唐书：
征见秦王功高，阴劝太子早为计。太子败，王责谓曰：「尔阋吾兄弟，奈何？」
　　答曰：「太子蚤从征言，不死今日之祸。」王器其直，无恨意。
魏征被逮后不但不骂李世民，反而埋怨李建成不听他的话而导致失败，所以，拿他和方孝孺放一块比是驴头不对马嘴

虽说方孝儒是死鸭子嘴硬，太过迂直。但成祖这件事情处理的也不好。大可以把他打发闲职，雪藏起来。
利用他的名号，多招揽读书人。
时间长了，大伙也就忘了这回事了。
即使对他不满，可以用一些别的手段，比如揭发他的一些丑闻，像子侄贪污等等，败坏他的名声，也就不成为威胁了。

至于魏征，还是唐太宗处理的好。如果是个性格暴烈的帝王，甚至可以把他直接拿下。但唐太宗没有这么做，不能不说是过人之处。

方孝孺被逮后有两种版本，一种是摇尾乞怜版，要是不杀这个摇尾乞怜、不忠不孝、离间皇室的东西，怎么能服众？
当然一般认为摇尾乞怜版站不住脚，自不细说。
另一种就是著名的抗辩不屈版，一个对先皇忠贞不二、宁死不降新君、指着新君鼻子臭骂的人，换谁不杀？不杀岂不是等于鼓励和暗示大家可以照做？至于用别的手段去杀，完全是自作聪明，只要没有对这种人立杀立判，同样是等于饶恕，进而还是暗示大家即使这样重大的反叛，也可以有活的余地。

我也觉得不杀不行

最好的办法还是找个理由败坏他的名声，那他就不攻自破，没有那么大的号召力了。

方孝孺也算死得其所吧，殉国也是士人最大归宿，成祖在某种程度上，可能也在成全他

一个书呆子的悲哀

我觉得有一个事情可以类比，就是高平陵事变。

司马懿在事后只惩处了曹爽等八人及其家族，对于像羊绣这样的中层都放过了。
其实最悲剧的是大司农桓范，曹爽对他有知遇之恩，他带着大司农印出城投靠曹爽。
事后司马懿也认为他是忠于职守，没有追究他。却不料放他出城门的人招供，说桓范和他说太傅（司马懿）谋反，结果桓范因此倒了霉，被抄家灭了门。