在监狱里，牟其中可以订阅一些报纸，并且可以看到电视新闻，因而对外界的变化，并非一无所知。牟自认是“公认的中国资本市场运作的第一人”。近些年来，中国企业界大事频仍，诸如褚时健、仰融、杨斌、周正毅等相继出事，牟其中虽与他们中任何人都无交往，但也表示关注。牟对有关德隆与三九集团的报道资料看得较多，与夏宗伟谈到过一些看法。牟其中认为，德隆和三九的问题在于“只埋头拉车，不抬头看路，不去力争改善我国经济运行的宏观环境，即争取市场化，而在宏观条件，即法制条件、金融条件、道德条件尚未具备之前，又不采取特殊的防范措施，自认为自己处于美国的经济环境之中，孤军深入，身陷计划经济的重围，是被人聚而降之”。“造成困局最根本的原因仍然是按市场经济法则运行的企业与按计划经济法则组织的经济秩序的矛盾。”“我有两点铁的规则，他们忘记了。第一，企业利润是资本运作的基础，没有利润的资本运作，就是投机式的赌博行为；第二，在中国金融改革以前，绝不与中国金融界及资本市场来往。”牟认为股市泡沫被挤之后，上市民企融资转靠银行的短期贷款，宏观调控要求收缩信贷规模，企业的“马脚就露出来了”。一家银行贷款到期，必然引发多米诺骨牌效应。“这时计划经济体制的狰狞面目就暴露出来了。若在完全的市场体制下，银行借款合同是契约，没到期，不能追债，连重话也不能说，否则要承担法律责任。可是，我国的银行是国有资产，德隆一般的企业，怎么能不倒霉？”正因为牟其中看到其中利害，所以南德“不但绝不上市，也不开办工厂—生产是国企的优势”。对于当前身陷困境的民企，牟其中的问题是：“当年南德呼吁产权改革、对国企股份化改造、建立公平的市场秩序的时候，他们在哪里呢？”与之相较，牟认为“此时南德的优势就表现出来了：5亿的负债，至少25亿以上的资产，更重要的是有一套如何在不完备的市场条件下规避风险的办成大企业的经营模式。该我们登场了，中国民营大企业要出台了。没有从1991年起，甚至从1984年起的火焰山、八卦炉的熬炼，是出不了齐天大圣孙悟空的。这就是自古以来，‘艰难困苦，玉汝于成’的道理。”

值得一提的是，牟其中的经济理论到现在看来，还有许多惊人之处，这也正是造神运动参与者们所最津津乐道的地方：“99度加1度”的理论牟其中所有的商业活动几乎都围绕“组装市场”来展开，而“组装市场”的基础即是他的“99度加1度”的理论。 牟其中形象地说道：“有一壶水烧到99度，还没有沸腾，没有产生价值，有人就建议干脆把它倒掉重烧一壶。这种人是傻瓜。聪明的做法是，在这壶已烧到99度的水下再加一把柴，水就会开了，价值就会产生了。成功与否往往就在于这关键的一步。那么，这宝贵重要的1度是什么呢？它就是市场。”“平稳分蘖”理论牟其中能够招揽大批人才追随，其“平稳分蘖”理论（也被称为人才合作理论）是一个重要的因素。牟其中如此描述这个理论：“南德集团希望与国内外一切渴望建功立业的人士合作，愿意为他们提供良好的发展机会与条件，也即为他们提供最基础的条件，创立新的项目公司，在条件成熟的时候，将该公司的大部分股份赠给其主要成员。”“智慧文明时代”理论其实是牟其中对“空手套白狼”的另外一种解释，在《中国企业家》对他的采访中，牟其中如此解释：“从1992年以后，我就发现，过去的经济规律已经在市场经济中变得十分可笑了，工业文明的一套在西方也落后了，在中国更行不通，我们需要建立智慧文明经济的新游戏规则，有人说我搞的是‘空手道’，我认为，是对无形资产尤其是智慧的高度运用，而这正是我对中国经济界的一个世纪性的贡献。”在这席话之前，牟其中的对称说也曾经被人广为传播过：“哲学上讲究对称。我们身边许多事物都具有对称性，比如有阴就有晴、有潮起就有潮落……那么，历史上有一个时刻——我说的是50年代初公私合营，国家剥夺资本家，很短时间里资产发生由‘荣毅仁’口袋向国家口袋的运动；那么，就可能对称地存在着一个反向运动，发生资产迅速由国家口袋向‘荣毅仁’口袋的运动———我认为现在就是这样一个时刻。”他的理论才华，的确让人惊叹。

2000年牟其中被判无期徒刑入监。在考核甚为严格的洪山监狱，牟其中从未有过违纪行为发生，并多次获得表扬。这也使得他继无期徒刑减为18年有期徒刑之后，又获得了多次减刑的机会。但实际上，根据《刑法》第81条规定，被判处有期徒刑的犯罪人，执行原判刑期二分之一以上;被判处无期徒刑的犯罪人，实际执行10年以上，如果认真遵守监规，表现良好，可以适用假释。也就是说，此时的牟其中已经完全具备申请假释的资格。假释的前提是认罪伏法，放弃申诉，而十几年来，牟其中一直不认为自己有罪。当夏宗伟向他提出假释的建议时，“我不愿意假释。”牟其中这样回答。实际上，牟其中入狱的最初几年，便曾有机会获准保外就医，可他拒绝了。他坚称自己无罪，要清清白白地走出去。牟其中经过痛苦的思想斗争之后，于2010年6月向监狱提交了假释申请书。[1]