制酵素的流程大致为：果蔬切片→加糖→密封→阴凉处放置→过滤→冷藏。在这个过程中发挥作用的酵素实为果蔬中的酶以及自带的微生物。由于自制水果酵素的发酵过程相对复杂，卫生条件要求较高，家庭自制很难达标，加上自制酵素过程中产生菌群和酶的种类复杂，极易滋生霉菌，存在一定安全隐患，如喝到已受污染的酵素只会对人体有害无益。
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