原剧情设定:(感谢Nitrome吧各路翻译者。)
Blue1207(以下称Blue)是由老教授(游戏中原文称(The) Professor,并未给出官方名称。)经过多次实验后创造的一种酶，具有自我意识，能够修复各种坏死细胞，有极高智力(相对原作中其他生物体而言)。Blue在出生后不久被视为老教授的孩子(T.S.Compelete中17~18关过场动画中出现的速写。)。
从实验第四天开始(游戏中一关即为一天，虽然我也不知道最后那里是怎么一天才跑过去一个房间的。)，老教授引入“自己的早期样本”:Orange。Orange智力低，但自我行动能力高，能做出简单的行为。于是Blue也就进入了此类实验之中。
需要提到的是，早期机甲(Proto-Suit)被击中后是损毁，必须要更换新机甲，注入新的Blue重生，但是所有的Blue样本展现出了同样的记忆。游戏中并未给出解释。
然后的每日日志就只起到提示本关要点的作用，直到最后一天。

在第一部最后一天的实验结束之后，出现了新日志。之后，Blue和Orange被注入到了一起，获得了一种新的酶:Green。在游戏中Green展现为不同个体，拥有的一切似乎也不同。
之后进入到第二部，Test Subject Green。在这部游戏的设定中，Green才是被试者。Blue反而是第一部中Orange的角色。实验第二天，老教授的日志里提到了:“在楼外的黑影似乎是一个不好的征兆，我要提高安全级别了。”第三天时实验室被入侵，教授被装麻袋。第四天，打斗仍然在持续(打上一天了)，最后，在打斗中，一个设置好的实验箱被撞翻，老教授也精疲力尽，颤抖着把Blue注入实验箱(虽然目的是什么并不清楚)，然后砸毁了注射器。然后，一片寂静……Blue仍然按照实验要求进行了实验，最后被Dr.Nastidious带走。

在这里要补充设定了。
Dr.Nastidious的想法是统治世界，抢走Blue，Orange，Green的目的是培养战争机器。至于Orange，简单的测试之后就扔给熊孩子雇佣兵自己玩了，然后的测试展开在Blue和Green谁更强之中。
在这次洗劫中，随着Blue一起被抢走的还有老教授正在研发的Rex_209机甲设计图。

然后仍然，实验日志就只提到了关卡要点，仍然到了最后一天……
“哇哦！Rex_209完成了！”随后，最后一场测试。
最终，Dr.Nastidious选择了Blue。然后，他将Blue注入了小号Rex。

Test Subject Compelete。实验仍在进行，目的是测试Rex的性能。然而Rex的AI知道，自己的出现不是为了战争，自己的主人是教授。
顺带一提，在这里，注入Blue就是一劳永逸了。Rex只会被击散，然后重组，并不会重新注入Blue。
Rex和Blue一直在交流信息，等待着逃跑的时机，等待着找到老教授。
终于，实验第七天……
不知道为什么，实验中途的观察者变成了熊孩子，特爱捣乱，往实验箱里扔Orange什么的，终于也闯祸了，实验箱没封顶，他调戏Blue时被Blue反打，随后撞翻实验箱，Blue和Rex出逃。

在Dr.Nastidious的基地中，Blue和Rex配合完美，Rex负责指路，搜集文件线索，拦截基地内部的文件传输，把资料提供给Blue,Blue则灵活判断现在的障碍，解决一个一个难题。
在实验箱子里的某一天，Rex曾截获内部通讯，得到这群熊孩子雇佣兵把Orange放进烤箱里得到烤酶派，结果后来这玩意坑了Blue一大下。
又有某一天，截获的内部通讯显示，Dr.Nastidious不在这几天去了老教授的实验室，但是什么都没找到。
第17天，Rex通过内部地图，发现，老教授就在隔壁的房间……
但当他们到达时，一切都晚了……
老教授趴在地板上……一口气也没了……
就在Blue回忆的时候，警报响起，它迅速逃回Rex机甲，被雇佣兵抓住，再次出逃。而这次……Dr.Nastidious启动了The Machine。

The Machine就是后期里面会射激光的那个机器，也是Dr.Nastidious的机器。
“The Machine，有其父必有其子。我恨这玩意，真TM地恨。”——Rex_209，Nitrome吧前吧主小灰翻译。
又有一天，Rex说:“我在我的本地磁盘内发现了一个加密文件，‘Blue1207’，我正在尝试破解。Blue，这是关于你的文件。”仍然是小灰翻译。
第二天，Rex说“文件破译了。Blue，Dr.Nstidious完全错了……你不是为了战争而生的……”小灰翻译。

最后。
Rex:“我有了一个想法。我们需要回到教授那里去。”
当他们到达教授在的房间的时候，教授已经开始腐烂了……
(限于英语水平原因，N吧暂时无人成功听译永别段落。)
“Far away,Blue.”Rex在说完最后一句话后，损毁。(经推测应该是电力耗尽。)
Blue敬了个礼。随后，跳上了教授的头。(平时咋没见你跳这么高)经典的叹气，然后，跳入了老教授的身体。
老教授复活。

然后，老教授找到一台大号的Rex_209，进去了(玻璃都顶碎了)。
【前面关卡有提到过Blue所在的Rex黑进监控看到过很多超大号Rex。】
29关，教授第一天。
“那台小号的Rex已经把他所有的资料传给了我。”(玻璃不是顶碎了吗)
最后一战。
Dr.Nastidious在最后一口气时，按下了自爆按钮。
基地自爆倒计时……
老教授逃到了出口，被熊孩子拦下……随后，基地爆炸了，老教授飞了出去，熊孩子死在了里面。

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久违地找到了这篇两年前的老文，还是不错，赞一个顺便挖坟

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上小学的时候把这游戏打通了，就是不知道剧情当时只有1代过了几年一看出2和终极版了，于是就玩了玩【也看不懂】就感觉好像很感人的样子。。