东风11C型柴油机车采用低合金钢侧壁承载结构棚式车体,设双侧贯通式内走廊、双端司机室,司机室头部为25°倾角的适度流线型结构。机车车体从前到后依次为第一司机室、电气室、动力室、冷却室、辅助室和第二司机室。电气室内设有高低压电器柜、信号系统控制柜、微机控制柜、主整流柜、牵引电机通风机,卧式制动电阻柜设置于靠近动力室的顶部。动力室在机车中部,安装了一套柴油发电机组,以及起动发电机、励磁机、燃油输送泵、空气滤清器等辅助装置。冷却室内设有V型结构的散热器和冷却风扇,此外并设有牵引电机通风机、静液压变速箱、机油热交换器、空气压缩机等设备。辅助室内安装预热锅炉及其控制柜。车底两台转向架之间设有燃油箱、总风缸和蓄电池组。