谭嗣同在《仁学》中谈到了太平天国，指出满清统治下的中国民不聊生，洪秀全等迫于生计起义应该是可以原谅的，在满人统治岌岌可危的时候，曾国藩出来帮助胡人保住江山就不对了。洪秀全当时是杀了一些人，主要是一些拒不服从反抗太平天国的人，从没滥杀无辜；但是湘军杀人如麻，每破一城，不问男女老幼，全部予以杀害，其中南京屠杀尤为惨烈，江南名都经此一劫已成废墟，几十年未恢复元气。谭嗣同还批评说，中国数湖南人风气最为保守，湘军是满清保守政权的基石。由此看出，谭嗣同对洪秀全深表同情，对洪未赶走异族统治实现改革深表遗憾；另外，后来的孙中山、章炳麟、邹容等也号召大家继承洪杨的遗志，推翻满清，国人深获鼓舞。
　　可见，太平天国在当时是深获人心的，也是一股进步力量，而不像某些人所形容的是屠夫、社会生产力的破坏者、中国传统文化的破坏者。真正懂得中国文化的人都知道，只有明末的李冯顾王黄和清末的谭康梁秋章等人才能代表中国文化的本质：爱国、进步和包容，曾国藩之辈只不过是中国文化的冢中枯骨罢了。
　　

下面是《仁学》原文选段：
　　远者吾弗具论，湘军之平定东南，此宛宛犹在耳目者矣。洪杨之徒见苦于君官，铤而走险，其情良足悯焉。在西国刑律，非无死刑，独于谋反，虽其已成，亦仅轻系数月而已。非故纵之也，彼其律意若曰：谋反公罪也，非一人数人所能为也。事不出于一人数人，故名公罪。公罪则必有不得已之故，不可任国君以其私而重刑之也。且民而谋反，其政法之不善可知，为之君者，尤当自反。藉曰重刑之，则请自君始。此其为罪，直公之上下耳。奈何湘军乃戮民为义耶？虽洪杨所至颇纵杀，然于既据之城邑，亦未尝尽戮之也。乃一经湘军之所谓克复，借搜缉逋匪为名，无良莠皆膏之于锋刃，乘势淫掳焚掠，无所不至。卷东南数省之精髓，悉数人于湘军，或至逾三四十年无能恢复其元气，若金陵其尤凋惨者矣。中兴诸公，正孟子所谓“服上刑者”，乃不以为罪，反以为功。湘人既挟以自骄，各省遂争慕之，以为可长恃以无败。苟非牛庄一溃，中国之昏梦将终天地无少苏。夫西人之入中国，前此三百年矣，三百年不骇诧以为奇，独湘军既兴，天地始从而痛绝之；故湘人守旧不化，中外仇视，交涉愈益棘手，动召奇祸；又法令久不变，至今为梗，亦湘军之由也。善夫《东方商埠述要》之言曰：“英人助中国荡平洪杨，而有识之士，佥谓当日不若纵其大乱，或有人出而整顿政纪，中国犹可焕然一新，不至如今日之因循不振。盖我西国维新之政，无不从民变而起”云云。是则湘军助纣为虐之罪，英人且分任之矣。奈何今之政治家，犹嚣然侈言兵事，岂其肤革坚厚乃逾三尺之钢甲，虽日本以全力创之，曾不少觉辛痛耶？