全科信息系统是一套面向基层医疗机构（个体诊所、乡镇卫生院、村卫生站和城市社区卫生服务中心/站）和医学院校在校学生的综合应用系统。
系统分为两个版本：学校版和基层医疗机构版。
1.学校版：包含了BMJ最佳临床实践（Best Practice，以下简称BP）和Learning（在线学习）两大功能，以提升医学生的学习能力和临床思维；
2.基层医疗机构版：则在上述两种功能的基础上，特别将BP进行深度结构化，并提供医疗质量评价系统、中国版QOF、云端专家在线指导等功能，并以此来提高基层医生的诊疗质量。