南方燕岭医院重点专科包括：甲状腺专科、胎记科、疤痕科、毛发科、老年病科、医学睡眠中心、神经内科、妇科、普通外科、骨科、胸外科和肾内科。门诊科室设置齐全，特色专科主要有口腔科、妇科、儿科、普外科、骨科、皮肤科、耳鼻喉科、康复科、中医骨伤科等