巴伐利亚州拥有一个一院制的州议会（Landtag），并实行普选制度。1999年以前，州内还有一个参议院（Senat），其成员是从巴伐利亚的社会与经济团体中挑选出来的，不过已经在1998年的一场公民投票中废止。
巴伐利亚的政府首脑称为部长主席、邦总理（Ministerpräsident）。巴伐利亚长期以来较为支持德国的保守派，其中基督教社会联盟从1946年开始，便在此地拥有庞大优势。并且从1957年其成员当选部长主席之后，执政就不曾中断。艾德蒙·施托伊伯尔（Edmund Stoiber）在2003年9月21日州选举中连任部长主席，并以基督教社会联盟组成政府。
