药师发十二大愿，弥陀发四十八愿.
若从这数字来说，似乎弥陀的愿力胜彼药师。而其不然，诸佛之愿力是平等平等。愿是凡夫趋证佛果的动力。若无愿便什么也不得成，所以修学菩萨首先必须立定志愿，然后从愿起修，依修得证。
如弥陀四十八愿就偏于济死。药师的十二大愿则趋向于解决人生的现实问题“穿衣吃饭”。
药师的大愿是通过他的智力开展，丰富了人民资生物质充足不缺，使一切人没有众病的迫切苦，倘若有病也不会贫病交加，而是眷属资具，医药具足，有疗养，有休息，众病自然消除。
弥陀则以悲心及愿力，令一切有情离开犹如火坑的娑婆世界，生到西方安乐净土。同样是“闻我名号”，弥陀则与诸菩萨众来迎接彼到西方极乐国，而药师则令其脱离死病痛苦得丰足食物。
无论是资生或是济死。诸佛之愿力都是为了让一切有情“离苦得乐”。
东西二方净土的国界、面貌大致相同。国土的建设都是用七宝，国中皆无男女之相，都有二大菩萨助化。西方净土有观音、势至。东方净土有日光、月光。 《药师经》有说：国中的一切严饰： “皆七宝成，亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。”
依二方国土的风光特性看来，净土特别强调就是‘清净、平等、安乐’。让人感到进入净土是清凉、平等、无恶浊、庄严，一切都是美妙无比，是一个绝对理想的世界。
药师佛的誓愿一切众生现实的衣食，住处中得以丰足，并且是能免除种种危厄灾难。若于佛法中不起正见，有破戒，悭贪，嫉妒等，造诸恶业，都能够依琉璃光如来的威光加被，改邪归正，转迷启悟，获得新生。凡夫众生如能够摄持药师法门，不但物质生活理想，而智慧，道德又能不断的向佛道而前进。学习药师如来在因地中立下的誓愿，他为了实现这个理想，广行菩萨道，从自利利他中去完成。这不是往生净土，而是建设净土，建设人间净土。把时代改变为最理想的净土社会，人们的生活就过得象仙人一样，这才是真正药师东方净土的宗旨所在。
东方琉璃世界有退转到人间反修现象，西方极乐净土没有退转现象，直至成佛。