所谓的“除妖”，意指将妖怪送回“隐世”，这些妖怪们本来就应该住在“隐世”，却因为某些原因而停留在“现世”里。
芦屋花绘因为欠安倍晴斋“一百万怨”，而以伙计的身份，在他的妖怪庵帮忙“除妖”。某一天，两人完成工作回到妖怪庵，收到了统治隐世的三大神明之一，立法传来的SOS后连忙赶去隐世，芦屋却因此被卷入了事件之中……