由于忍龙2本身是未完成品，存在一些bug。有些bug影响不大，有些bug则会影响游戏体验。
1，游戏存档是需要在龙头跟前保存的，不限次数，第一次保存的时候龙头是蓝色的会回满玩家的血。
2，养成手动存两个档习惯。游戏默认是自动存档，需要改成手动，因为第九关硫酸池有bug，低难度不太可能遇到。高难度因为过于麻烦玩家可能会利用游戏良心bug来过，但是可能会因此出现恶性bug导致硫酸池的门不能打开。对于只有一个存档的玩家只能选择从第一关重新开始。
3，360运行忍龙2有一定几率会死机，此时不管你是不是数字版，退出一次光驱再进去就会正常。x1x不清楚是否会遇到。
4，新手建议先把棍子提前2级（任何难度）解锁360y，防止第三关在雷刚虫那里卡关。
5，忍龙2有自动回血功能，龙哥遭受伤害后血条会分成两段红血和空血。空血部分会待龙哥脱离战斗后自动回复。随着难度提升受到伤害后红血占比会提升。红血需要吃药等手段恢复。