凭借鲜明的办学特色和出色的办学成绩，南海学校连续七年被评为舟山市教育系统优秀学校、舟山市党建和党风廉政建设优胜单位，先后获得首批国家级语言文字规范化示范学校、浙江省文明单位、浙江省依法治校示范校、浙江省厂务（校务）公开先进单位、浙江省校本教研示范学校、浙江省食品卫生A级单位、浙江省综合治安示范单位、舟山市文明单位、舟山市第一、二届社会满意学校、舟山市花园式绿化先进单位、舟山市学习型学校等荣誉称号。2006年，学校领导班子被市委、市政府评为优秀领导班子，成为被表彰的4个企事业单位之一。高中部、初中部、小学部、幼儿部四学部分别被确定为舟山市发展性督导评估四星级学校，初中、小学、幼儿分别被认定为浙江省示范性初中、小学和幼儿园，并被列为浙江省中小学名师名校长培训基地。学校现为北京示范大学实验基地，是浙江省现代教育技术实验学校、舟山市教育现代化学校。