不知道。赤木律子说过有一个绫波丽产生了灵魂，这话和上下文啥意思一点也看不明白。另一条线索是渚薰和莉莉丝，他们虽然表明绫波丽和莉莉丝关系密切，但是等于啥都没说。

第三丽不记得自己牺牲的事，但是看到了碇司令的眼睛还是会流泪

我觉得不想当，谢邀
说灵魂是个比较玄乎的概念，当然eva里玄乎的东西已经不少了。
但一般情况下的丽毫无疑问不会自认为是莉莉丝，而莉莉丝的表现出来的“人格”(如果不是“神格“的话)也不会和作为人类克隆体的丽完全一样，虽然最后莉莉丝觉醒后的确是以丽的形象出现，但我认为这是因为莉莉丝单纯地不具备类似人类的人格，所以在需要与人类进行接触(包括补完的时候)，需要这么一个类似人类的形象。
自我认知很大程度上是决定人格的。

个人理解，渚薰说丽和他一样（神的灵魂），但丽否认了。也许这就是说明丽作为人的感情，渚薰是没有的。丽有的是不完整的莉莉丝之魂，在回归莉莉丝后，这部分灵魂带的对真嗣的感情影响了整体，也就是大白丽的灵魂