1.要长期使用。微生物菌剂的预防效果好于治疗效果，其作用发挥较慢，长期使用方能达到预期的效果。
2.要尽早使用。通过先入菌的大量繁殖，形成优势种群，减少或阻碍病原菌的定居。
3.要采用适当的方法及适时使用。有些微生物菌剂可全池泼洒，有的作为饲料添加剂，有的可与其他物质混合使用。要选择好投放时间，如光合细菌及硝化细菌投放时和沸石粉混合使用；而芽孢杆菌则须在水瘦时使用，因其能迅速利用大分子有机物质，同时能将有机物质矿化生成无机盐，从而为单细胞藻类繁殖提供营养，维持稳定的水色。
4.禁止与抗生素、消毒杀菌药或具有抗菌作用的中草药同时使用