好像有的，
比如through burning (burning是一个过程，一个process)；
by fire (fire是一种东西，一种手段，唯独不是一个过程)

说比较难或复杂，用through强调一下。要看具体句子。还有介词化的using替代by/with

through侧重过程，即“通过...”；by侧重方式，即“以/被...”。

比如，我想说(段落要义) method新颖或独创性，我用by/using our new method/design.
我想说，我工作量大，很辛苦(段落重点)，或许倾向选用 through [several steps in/a complicated procedure of] its application.
【语随人愿】