1. 自愿申请。各学位授予单位的博士硕士学位授权学科，均可按规则自愿申请参评。
2. 信息采集。采用“公共数据获取与单位审核补充相结合”的信息采集模式，将通过公共渠道获取的信息提供给参评单位确认并补充必要材料，着力减轻单位负担。
3. 信息核查。通过材料形式审查、信息逻辑检查、公共数据比对、证明材料核查、重复数据筛查、重点数据抽查、学科归属分析等七项措施，对评估信息进行全面核查和“清洗”。
4. 信息公示。在确保信息安全的前提下，对部分评估信息进行网上公示，由参评单位相互监督并提出异议。

5. 反馈复核。对信息核查和信息公示中发现的存疑问题，汇总反馈至相关单位复核，对弄虚作假行为进行惩戒。
6. 专家评价。按一级学科和评价指标分类遴选专家，请专家对各定性评价指标进行逐项评价。
7. 问卷调查。通过网络调查平台对学生和用人单位进行问卷调查。邀请同行和行业专家对学科声誉进行问卷调查，邀请境外同行专家对部分学科开展国际声誉调查。
8. 结果形成。根据定量指标和定性指标评价结果，依据专家确定的指标权重，统计形成评估结果。
9. 结果发布。分类分档发布总体评估结果，探索提供多维度评估结果。
10. 诊断分析。深入开展信息挖掘分析，为参评学科和单位提供诊断分析服务，发挥评估诊断作用；为政府提供总体分析研究报告，发挥评估智库作用。