《秽迹金刚禁百变经》当中载有秽迹金刚的根本咒。
《秽迹金刚禁百变法经》特别說明:“古经本咒四十三字。唐太宗朝人多持诵感验非一。除去十字今就录出。速获灵应无过是咒。”
此根本咒与《秽迹金刚说神通大满陀罗尼法术灵要门》当中所载的咒相差不多。《秽迹金刚禁百变法经》同时录有另一短咒。该经亦特别提到此咒为“真觉禅师所传神咒。与今经咒同。但从梵音赊切字语少异。”值得注意的是,在不空译的《大威怒乌刍涩么仪轨经》与《秽迹金刚禁百变法经》当中所载的两个咒,皆出现在马元帅相关秘法之中。有些是部分咒文出现,但是最完整的保存在《道藏》,灵官陈马朱三帅考召大法,当中的三十二字咒与四十九字咒当中。
比较之下可看出只有几个字的差异。除却异体字外,而实际上的发音则近乎一样。比较《秽迹金刚禁百变法经》的短咒同样可观察出只有少数用字的差异,若考量其发音则近乎一致。这说明,马元帅秘法当中完整保留了秽迹金刚的根本咒且未加更动。以上比较可以看出马元帅秘法与秽迹金刚密法的密切关联性。《秽迹金刚禁百变法经》在最后都有提到译字调整的问题,可能是经典与实操作的方法略有出入,因此补充说明于后。