文档透明加密作用对象是一个文件，而不是整个文件系统或者磁盘。即，同一个磁盘上，可能有的文件是加密的，有的文件是未加密的，整个磁盘的文件系统没有被加密，意味着无须经过解密处理，就可以查看这个文件系统。比如列出某个目录有哪些文件，查看一个文件的属性。但是可能无法打开加密的文件，查看具体内容。
磁盘加密是指将整个磁盘文件系统进行加密，如果不解密，那么这个文件系统就无法被挂载，以供操作系统使用。典型产品是Windows的Bitlocker以及TrueCrypt。这类产品的一个特点就是，磁盘被加密后，每次开机如果想使用这个文件系统，必须输入密码解密。
两者的共同点是，都是透明的。即，整个过程基本上不需要用户干预。差异在于，一个是针对文件（文件被加密，无法打开），一个是针对文件系统（磁盘被加密，无法被Windows使别、挂载、使用）。