软件著作权是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。
专利是由政府机关或者代表若干国家的区域性组织根据申请而颁发的一种文件。
1、法律依据不同。
软件著作权保护主要依据《著作权法》、《计算机软件保护条例》
专利的保护主要依据《专利法》、《中华人民共和国知识产权法》。
2、保护原则不同。
软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记。专利则必须向专利局提出申请才能获得保护。
3、保护对象不同。
软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。如果竞争对手吃透了软件改变代码重新编写功能一样的软件，那么也算不侵权。专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思，一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
4、申请通过率不同。
软件著作权登记通过率极高，专利申请要求技术性高，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求，申请难度较高，通过率低。
5、申请提供资料不同。
软件著作权需提供：申请人身份证明文件、申请表、源代码及说明手册;
专利需提供：申请人身份证明文件、委托说明书、技术交底书(外观专利则提供图片或照片)。
6、申请周期不同。
软件著作权申请周期短，可做加急，最快能1天下证;专利申请周期长，尤其是发明专利，往往需要1-2年才能授权下证。
7、保护期限不同。
软件著作权保护期为自然人终生及其死亡后50年，跟著作保护期限差不多。实用新型和外观设计保护期限从申请日起算10 年，发明专利则是20年。
8、申请和维护费用不同。
软件著作权只有前期申请费用，没有后续的维护费用;
专利除了要交前期的申请费用之外，每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。专利年费交几年才能交完