巨型艾美耳球虫寄生于小肠，以中段为主，有一定的致病作用。堆型艾美耳球虫寄生于十二指肠及小肠前段，有一定的致病作用，严重感染时引起肠壁增厚和肠道出血等病变。
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和缓艾美耳球虫、哈氏艾美耳球虫寄生在小肠前段，致病力较低，可能引起肠粘膜的卡他性炎症。早熟艾美耳球虫寄生在小肠前三分之一段，致病力低，一般无肉眼可见的病变。
布氏艾美耳球虫寄生于小肠后段，盲肠根部，有一定的致病力，能引起肠道点状出血和卡他性炎症。
变位艾美耳球虫寄生于小肠、直肠和盲肠，有一定的致病力，轻度感染时肠道的浆膜和粘膜上出现单个的、包含卵囊的斑块，严重感染时可出现散在的或集中的斑点。
