清朝时期，改土归流后保靖县里耶乡。
民国时期，保靖县里耶乡。
解放后1949年11月--1958年10月，保靖县里耶乡。
1958年10月，根据国务院《地名管理条例》规定同一地区行政区划内，县、乡、镇地名不能同名重复使用，保靖县里耶乡更名为黄连人民公社。
1984年4月，黄连公社改为黄连乡。
1999年1月，撤销黄连乡建立清水坪镇。
2005年12月，马王乡并入清水坪镇。
2015年12月，野猪坪镇并入清水坪镇。
截至2020年6月，清水坪镇下辖1个社区、19个行政村：清水坪社区、里外村、客寨村、魏家村、夕东村、下码头村、大坝村、坝木村、黄连树村、马王村、清水坪村、梁山村、中溪村、腊洞村、小溪村、糯里村、野竹坪村、大坪村、杰坳村、杉柱村； 镇人民政府驻清水坪村。
区域总面积196.6平方千米， 截至2019年末，清水坪镇有户籍人口34969人。