这种设定，可以借第三方之口抛出，再让主角做出点反应

两种处理方法。
一是作为悬念，直接通过主角的心理活动点出疑问。
二是作为反转，让读者看不出问题，之后再反转。
你说的读者看出问题了，后面还想反转是不存在的情况。
读者出现疑问时，你不解释也不点出问题，读者只会觉得你写崩了。

不合理的地方放大后就成为了悬念。
比如三体里面有一个设置，就是智子来到地球破坏各种试验。
直接放大，变成了主角眼睛中可以看到数字。
比如武侠小说，一个人能感应到有人要杀他这个设置单独看也不合理。
直接放大，有杀气！

伪设定也要符合逻辑。

比如设定某个末日世界，主角作为穿越者，外挂就是身体基因底层没有被污染，是纯净的人类。而末日世界的人普遍都带有部分扭曲的基因，扭曲基因既给人带来特殊异能，也让人疯狂和早亡。人们崇拜又惧怕扭曲者，形成扭曲派和纯净派两大势力偏向，但是大部分底层人都是苟活而已。
扭曲派以基因污染度和控制力作为力量源泉，纯净派以扭曲科技树的科技装备来武装（使用装备会造成污染，纯净度高的人会有一定程度抵抗力和自净化能力）。双方都认为对方是破灭世界的元凶。历史的真相早就深埋在各种遗迹里。
主角因为纯净基因，所以污染抵抗力和自净化能力超强，借用纯净派的科技武装自己，挖掘历史，一路装逼打脸收美女，慢慢发现这里就是地球，现在世界上所有现存者都是一个即将破灭世界的入侵者后裔，他们的世界因为研究扭曲基因导致污染，世界即将崩灭的时候以超科技入侵了地球，地球人类在漫长的抵抗中渐渐死光。主角是最后一个真正的本土人类。
因为主角和扭曲者基因上的本质不同，无法诞生纯净后代，生出来的都是变异肉块，他终于明白自己就是最后的地球人了，等自己死后，地球人终将灭绝。主角心态崩溃，想要灭世。

古三通？

我看了看你头像，去玩一下景之海吧

你可以一直不质疑，默认这事就是正常的，但要彻底不质疑，当它和地心引力一样正常，主角也不要考虑合理不合理，需要的时候再用另一个理论来证明，而且一用另一个理论果然也能顺着逻辑跑