距离法:一种纯数学算法,通过序列两两之间的差异决定发育树的拓扑结构和枝长,将发育树的构建和最优树的确定融合在一起.优点:运算速度快;缺点:在将原始数据转换为距离矩阵时会丢失一些进化信息;最大简约法:能快速分析出序列之间的系统发育关系,所构建的系统发育树中的短分支更接近于真实.但当DNA序列的进化速率在不同分支上相差很大或亲缘关系太远时,最大简约法可能得出似是而非的结论.优点:一种不依赖于任何进化模型的无噪声统计方法;缺点:计算速度慢,适用于分析分类单元数目小于30的数据集最大似然法:充分考虑了所有可能的突变路径,能完全利用数据的系统发育信息,在很大程度上依赖于对核苷酸概率模型的选择,不同位点的核苷酸替代速率不一致.缺点:由于计算每个树的似然值算法的复杂性,以及基于最优标准算法的复杂性,其运算强度极大,对于分类单元较多时十分费时.1)当序列间相似性程度比较低时,使用距离法(UPGMA和NJ)2)对于近缘序列,使用最大简约法(MP)3)有合适的模型,可以选择最大似然法(ML)通常可以使用两种不同的方法构建系统发生树,如果得到的系统发生树基本一致,结果较为可靠.
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