抗球虫药对鸡、兔的球虫病有重要的作用，但球虫几乎对所有的抗球虫药物都有耐药虫株出现。球虫一旦对某种药物产生了耐药性，便可耐受连续使用浓度4-8倍，甚至更高的浓度。而提高药物浓度，对鸡或兔会造成毒害作用。
鸡的球虫，有对2种或2种以上化学性质不同，作用机理各异的抗球虫药产生耐药性的能力。当球虫对某种抗球虫药产生耐药性，也会对同类药物产生耐药性。球虫在其生活周期的后期进行有性生殖，形成卵囊，耐药性也世代相传。
目前抗球虫的药物多达50多种，根据各种药物的特点和耐药性的情况，合理搭配抗球虫药物的使用，可延缓耐药性的产生，延长药物的使用年限。
抗球虫的饲料添加剂：
有许多学者尝试从饲料添加剂的角度来防治球虫病，以解决耐药性的问题。植物提取物的复合配方也是开发抗球虫饲料添加剂的一个出路。青蒿、苦参、大黄、地榆、常山等中药配成的复方制剂，有防治球虫病的效果，且不易产生耐药性。

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