1、勤增氧：增氧是底质改良重要的环节，特别是底部增氧能有效分解沉积的残饵粪便等有害物质，激活底泥生态功能。底部增氧可采用微孔增氧方式，增氧效果较好。
叶轮式增氧机，能打破氧分层、产生提水和混合水体的作用，有利于提高底部溶氧，加快有机物分解。
2、搅底：每隔8-10天，选择晴天的上午用铁链或者特制的搅底工具进行拉底，将底部沉积的有机物搅动起来，利于其氧化分解，同时释放其中营养盐，供浮游植物使用。但是拉底要分区进行，不能一次性将整个池塘拉完，防止有机物悬浮，大量耗氧，造成缺氧现象。
3、喷排：使用深水泵将底部泥水混合物抽提，向空中喷洒。增加污泥与空气的接触，加速有机物的氧化分解。
二、化学方法
1、氧化分解型颗粒底改剂：这类底改剂能够氧化分解底部的有机物，提高池底的氧化还原电位，增加池底的缓冲性，降低氨氮、亚硝酸盐等有毒气体，尤其是硫化氢。当底质长期处于不良状态，环境中的有害菌数量较多，此时直接用微生物效果不大，要先用此类底改剂尤其是颗粒型，把底部水体的有害物质降到一定浓度，再使用生物制剂。
2、吸附性粉剂底改：这类改底剂包括了沸石粉、麦饭石粉等，能够吸附有毒有害物质沉到底部，起到对水体的净化作用，但由于有毒有害物质仍然存在，并没有消除，因而这类产品治标不治本。在实际使用时搭配氧化分解型的颗粒底改产品或者微生态产品可从根本上消除这些物质。
三、生物方法
使用乳酸菌、芽孢杆菌等微生态制剂，改善水中及底质中的微生物优势群落，抑制有害微生物的生长繁殖，同时分解有机物，以达到改良底质和水质的目的。
总之改底防重于治，才能避免一些不必要的损失。