鱼孢子虫治疗的时候可用1‰的90％晶体敌百虫浸洗3到10分钟，同时还要在鱼缸里泼洒0.2ppm晶体敌百虫。每万尾鱼要用盐酸圜氯胍1.5到2克拌饲料投喂，连续喂一周左右。寄生在鳃瓣上的粘孢子虫，可用2%的食盐水浸洗半小时，每天一次，连续两次就可见效。此外，平时管理的时候要注意提供的环境。