设施农业房屋的限制高度是:居室净高不应低于2.5米,把住宅层高控制在2.80米以下。原因是:1、国家住宅与居住环境工程中心主编的《健康住宅建设技术要点》指出,居室净高不应低于2.5米。2、建设部主编的《住宅建筑模数协调标准》中,规定了层高优先尺寸系列宜为2.0~3.0米;《住宅设计规范》规定:普通住宅层高宜为2.80米。