菏泽金府大院是一处历史悠久的文化遗址，虽然具有很高的历史和文化价值，但也存在一些缺点，如：1.建筑年代久远，存在一定的安全隐患；2.部分建筑已经损坏，需要经过修缮和保护；3.游客过多，存在环境破坏和管理难度大的问题；4.周边环境缺乏配套设施，不便于游客的出行和停留。因此，在保护和开发金府大院的过程中，需要综合考虑其历史、文化、环境等多方面因素，制定合理的保护和管理方案。