企业代垫运费应计入“其他支出”科目。其他支出是指企业发生的不能归入其它科目的支出，比如：特殊服务所支付的费用、相关部门与外部的协调费用、给予客户的回扣等。当企业代垫运费时，应作为其他支出纳入账目，并在备注中说明代垫的事项。对于企业代垫费用，同样有一定的管理流程，以及一定的报销规章制度，例如，应及时发放代垫费用，及时登记代垫费用，精准记录代垫费用等。此外，还要定期对代垫费用的财政绩效进行评估，严格控制代垫费用的开支，以降低企业费用成本，保证资金安全。