自由基会破坏叶绿素分子和光合色素分子，从而影响光合作用。自由基会抽取叶绿素分子中的电子，导致叶绿素分子失去活性，无法参与光合作用。此外，自由基还会破坏叶绿体膜，导致质子泵失去功能，进而影响ATP的合成，降低光合速率。