磷灰石一般有白色、灰色和淡黄色三种颜色。颜色的不同，是由磷灰石组成的物质异质性决定的。磷灰石主要由少量碳酸钙和离子方解石两者组成，随着比例变化，磷灰石的颜色也会发生变化。如果两者比例相近，则形成白色磷灰石；当碳酸钙比重大于离子方解石时，则形成灰色磷灰石；而当碳酸钙比重小于离子方解石时，则形成淡黄色的磷灰石。