清华大学领军博士学费由学校决定，一般是一百万元人民币。清华大学于2018年6月1日正式实施领军博士计划，计划以表彰拥有卓越学术成就及创新精神的博士生而启动，为他们提供最优厚的助学金政策，支持他们在清华完成高水平学术研究。领军博士学费不仅包括学费和住宿费，而且还包括工作期间的各项补贴，以及计划外开展的学术研究所需的基金。所以，清华大学领军博士学费一般在一百万元以上。