三种《曹操传》结局有三种。奸雄路线，游戏的结局是曹操接受献帝禅让并称帝。游戏通关后，重新开始时，主界面将出现一只红色的铜雀（就难度来说，此路线，陆战较水战难）。游戏的结局是曹操打倒占据孔明肉身的大魔王。游戏重新开始时，主界面将出现一只蓝色的铜雀。（就难度来说，此路线，水战较陆战难）。非忠非奸路线，此路线与奸雄路线的过关流程是一模一样，但是结局不同。游戏最终，曹操没有称帝，而是六十六岁寿终之后，其子曹丕废汉建魏。