第一点可以直接结束对决，那就是主角拥有自己深藏脑海中的两个回忆，剧情里面有，这点克隆人是不会有的
第二点就是克隆人不是从10到10，而是从0到5，如果硬要搞个例子的话就是玛丽安正常状态和玛丽安失忆状态，虽然玛丽安是同一个。
克隆人本身是没有记忆的，开始只会像玛利亚一样啊啊啊以外的都不会

第二点就是主角如果是克隆人，永远不会有自身的记忆，方舟里面没有把人类的记忆转移给另一个人的技术，这是可以确定的，这时候可能有人会说妮姬的纳米机器可以复制记忆，问题来了主角并不是妮姬，更不是普通人类，他的血可以清除纳米机器让其完全没有效果，这时候怎么使纳米机器？
也许会有人说可以使用其他手段，还真别说清除玛丽安的记忆用的就是物理洗脑，但是这个只能减去，不能添加，玛丽安本人就是最好的例子

第三点就是克隆人的躯体和原版有着根本上的区别，那就是肌肉记忆，克隆体的肉体是全新的，没有经过历练，这一点怎么样都不会有疑问，克隆人不可能拥有原版的肌肉记忆，主角即使刚上任，什么都不懂实战依旧很厉害就是因为主角以前做过这种事，即使没有记忆，也有习惯

第四，对于主角是克隆人的论点只有一个，那就是和安德森的血型一模一样，这是完全靠不住的，最明显的差别就是两个人除了血型，没有相同的身体特征样貌，这一点相信很多人都能理解，克隆人就是一个基本一模一样的新生儿，即使克隆人和原版年龄有差别，也不可能一点也不像，剧情里面从来没有说过安德森和主角很像。而且剧情里面有提到，主角的血型很稀有，但不是绝种了，要不是意外，也不会发现这个血型对异端者有那么显著的效果。

上面的都是根据剧情给出的信息进行推断
最后就是现实原因，把主角搞成克隆人的编剧怕不是认不清这个游戏的定位

最多就是改造人，和拉毗对应

也可能和小红帽一样，是克隆人，但被原主夺舍了。

我觉得主角和初代是一个人的证据太少了，有可能是赛博朋克2077主角那种设定

有可能安德森才是主角后代

爷就是爷，不是某个几十年前的老冰棍或者阴谋论试管娃娃的产物

如果是克隆的话看官方设定吧，我之前看我叫白小飞主角的克隆人有和主角一模一样完完整整的记忆，从出生到被克隆前

还没准是用前代的细胞从小培养出来的呢……有完整童年和人生，就是DNA更优秀啊，安德森没准都是那种模式造出来的，所以他们的血是一样的

是克隆人也无所谓，不会有人认为克隆人和原主完全一样吧？

说起克隆人我就想起某二代主角是一代主角克隆人的游戏