1、反离子树脂迁移过程 阳膜上的固定基团带负电荷，阴膜上的固定基团带正电荷。与固定基团所带电荷相反的离子穿过反渗透膜的现象称为反离子迁移。如在物理电渗析器中，淡室中的阳离子穿过阳膜，阴离子穿过阴膜进入浓室就是反离子迁移过程，这也是珠海电渗析设备的除盐过程。
2、 同性离子迁移过程 与膜上固定基团带相同电荷的离子，穿过膜的现象称为同性离子迁移。由于交换膜的选择透过性不可能过到100%。因此，也存在着浓室中的阴离子会少量穿过阳膜，或阳离子穿过阴膜而进入淡室，数量虽少，但降低了除盐效率。
3、电解质的浓差扩散过程 这是由于浓水室与淡水室的浓度差而引起的。其结果是由浓室的离子向淡室扩散。从而使淡室的含盐量增加，降低了除盐效率。
4、压差渗透过程 由于浓、淡室的压力不同，由压力高的向压力低侧进行离子渗透。因此，如果浓室的压力过高，也会降低除盐效率。
5、水的渗透过程 由于淡室中水的压力比浓室要大，因此，会向浓室渗水，使产水量降低。
6、 水的电渗透过程 由于水中离子是以水合离子的形式存在，因此伴随着离子的迁移，故有水的电渗透发生，使淡水产量降低。
7、 在运行时，由于操作不良而造成极化现象，使淡水室水量的水电离，在直流电场的作用下水电离产生的氢离子穿过阳膜，OH-穿过阴膜进人浓水室，在那里与Ca2 , Mg2 生成沉淀，也称为极化沉淀。故此。不仅电耗增加，而且还会造成沉淀等后果。