三段式剧情，设定在未来。
第一段塞伯坦现状：旁白介绍因为能量不够，汽车人和霸天虎的后代缩小了身体变成了巨无霸和原始兽，然后霸王龙一行人窃取一架星际战舰穿越时空去寻找当年的金盘，金盘能指示能量源。双方开战穿越到地球，参考第一集太空遭遇。
第二段他们穿越到旅行者号发射那一年，旅行者号搭载的金盘里有能量源的指示，双方开始抢夺金盘，恐龙叛变并保护人类最终促成旅行者号成功发射而牺牲。双方紧跟旅行者号出发。
第三段，到了现在这个时间旅行者号找到了大能量源的方位结果能量已经没有了，但是按照相同的原理却在地球上发现了大能量源，双方回到地球开始抢夺能量源，最后发现能量源影响地心，不能带走，巨无霸保护能量源与原始兽展开大战并胜利保护了地球。