当下各单位在上级部门指导政策下对横向课题经费的使用制定了具体的管理制度，虽然会因单位不同而有差异，但可以确定的是横向课题经费不是给主持人的，而是由横向课题承担单位统一管理。

比如教育部下达相关文件，首次明确了院系科研经费监管责任，建立健全学校、院系、课题组三级科研经费管理体制;进一步明确学校预算管理责任和权限，建立财政资金支持的科研项目预算评审制度，规范了预算调整程序;加强间接费用管理，明确费用计提方式;完善科研绩效管理办法，建立鼓励创新、体现科研实绩的科研人员绩效管理机制;划出高压红线，严禁以任何方式套取、挪用、侵占科研经费，严肃惩处违规违纪行为。也就是说这些文件的出现，纠正了横向课题经费属于课题主持人个人所有的观念，课题经费应纳入相关单位财务统一管理。