对于你父亲检查出肝硬化腹水的情况，选择去总院区还是感染病院区的问题需要根据实际情况综合考虑。一般来说，如果患者的病情较为稳定，没有明显的传染病风险，可以考虑前往总院区的内科或肝病专科进行治疗；而如果患者存在传染性肝炎等并发症或者需要更为专业的隔离治疗措施，建议前往感染病院区的相应科室进行诊治。
具体来说，可以结合以下几个方面考虑：首先需要考虑患者是否有传染病病史和当前是否具有传染性，如果有则优先选择感染病院区；其次要考虑医院的治疗水平和专业特长以及医生的专业背景和治疗经验等方面因素；最后还要根据患者的个人情况和意愿等因素来做出决策。