碇唯复活了，碇唯喜欢明日香，明日香也喜欢碇唯。碇唯有梦想，但没有力量。明日香有力量，但没有梦想。
明日香，碇唯，真希波，三人结拜。这时候的绫波丽想要补回童年，她们决定一起照顾丽，让丽快乐的成长。明日香是哥哥，碇唯是妹妹，她们是大人。真希波也想当孩子，于是作为丽的玩伴。四个人最后生活在一起。
明日香是最像大人的人，也最有力量，她现在有了最好的一面，并没有像对待真嗣那样照顾丽。丽有一个梦想，三人一起帮助丽实现她的梦想。
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另外一边，真嗣死了，渚薰拿着他的尸.体，哄骗剩下无可救药的人类相信，真嗣是救世主，是神，是父。
所有人都匍匐在父的神威下，虽然“父”只是一个普通人类的尸.体。碇原堂，冬月，等人陷入了疯狂，疯狂的信奉这个“父”。
渚薰成为了这些人的教皇。