蛋白质与蛋白质互作是指不同蛋白质之间的相互作用,这种作用可以发生在细胞内或细胞外。蛋白质通过互相结合,形成复杂的细胞机制和信号传导网络,参与多种生物过程,如基因调控、代谢、信号传导等。这种互作是生命活动中的重要组成部分,对维持生物体的正常功能具有重要意义。
那么如何用AlphaFold3预测候选蛋白质与蛋白质互作呢?
第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC、PRMT5为例)。
获取MYC蛋白质序列。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=9cb9e1779cb44aed594ebeec831d876a/0f47a401a18b87d63dde4922410828381e30fdcf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_4fca991271b95d649999a2dd71b1269f)
获取PRMT5的蛋白质序列。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=c6159de068738bd4c421b239918a876c/1dd0a4d6277f9e2f1ba9ff355930e924b999f3cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_f7d5f6ecc986c084c65649879dc1aeb3)
第二步,访问 AlphaFold Server)和输入数据进行预测。![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=574cf97ecdd4b31cf03c94b3b7d7276f/3b8d047f9e2f07083599c83daf24b899a801f2cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_646d8f7ad606778fc91c5d63f17c6929)
登录谷歌邮箱账号,点击Add entity框就可以添加蛋白质、DNA、RNA、配体和离子(金属离子)。![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=30d25cd9f51c8701d6b6b2ee177e9e6e/9b24bd2f0708283801913e29fe99a9014d08f1cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_7c41ef3f73f41dc6b722a69b4e96a736)
将MYC和PRMT5的蛋白质序列序列输入,点击”Continue and preview job”。![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=94756411c101a18bf0eb1247ae2e0761/2274240828381f30f6856f94ef014c086f06f0cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_5b5b0c00d1284ab7e591077a2b1efffe)
点击“Confirm and submit job”即可提交作业,一般运行约10 分钟左右。![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=93bd500ce78b87d65042ab1737092860/bb530b381f30e92498387e0c0a086e061c95f7cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_897fcd020fe5c369f406de16fa1a7a39)
第三步,结果。MYC和PRMT5互作预测结果。点击“Download”可下载数据。颜色越蓝表示预测的置信度越高,越橙则越低。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=a6a07686c1d6277fe912323018391f63/94633c30e924b89988a09b0528061d950b7bf6cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_99cfa9b32b860e78543d71b42333332d)
注:pLDDT:基于 0-100 量表的每个原子置信度估计,其中较高的值表示置信度较高。pTM 和 ipTM 分数:预测模板建模(pTM)分数和界面预测模板建模(ipTM)分数均来自称为模板建模(TM)分数的度量。pTM 分数高于 0.5 表示整体预测的复合物折叠可能与真实结构相似。ipTM 衡量复合物内亚基相对位置的预测准确性,高于 0.8 的值表示置信度高的高质量预测,而低于 0.6 的值则表明可能是失败的预测。ipTM 分数在 0.6 到 0.8 之间为灰色区域,预测可能正确或不正确。对于小结构或短链,TM 分数非常严格,因此当涉及少于 20 个标记时,pTM 分数赋值低于 0.05;在这些情况下,PAE 或 pLDDT 可能更能指示预测质量。
这些cif文件可以用PyMol类似的软件打开,然后进行后续分析。![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=832a50db617f9e2f70351d002f31e962/a36bca24b899a9016ea9b90b5b950a7b0308f5cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_808db180d5caff97f12415a8a293e8d7)
AlphaFold3给蛋白质互作预测提供了新的方法和工具。如遇AlphaFold3实操问题,
欢迎评论留言进行交流探讨!
那么如何用AlphaFold3预测候选蛋白质与蛋白质互作呢?
第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC、PRMT5为例)。
获取MYC蛋白质序列。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=e1b85115707adab43dd01b4bbbd5b36b/378f901c8701a18b9e77f072d82f07082938fecf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_014bf7cb837de581359a322723514e2f)
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=9cb9e1779cb44aed594ebeec831d876a/0f47a401a18b87d63dde4922410828381e30fdcf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_4fca991271b95d649999a2dd71b1269f)
获取PRMT5的蛋白质序列。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=2ddb0db90ced2e73fce98624b700a16d/3b5a828b87d6277f858ed0056e381f30e824fccf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_7cbe13f56b2f2a1d130e9243896d5030)
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=c6159de068738bd4c421b239918a876c/1dd0a4d6277f9e2f1ba9ff355930e924b999f3cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_f7d5f6ecc986c084c65649879dc1aeb3)
第二步,访问 AlphaFold Server)和输入数据进行预测。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=574cf97ecdd4b31cf03c94b3b7d7276f/3b8d047f9e2f07083599c83daf24b899a801f2cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_646d8f7ad606778fc91c5d63f17c6929)
登录谷歌邮箱账号,点击Add entity框就可以添加蛋白质、DNA、RNA、配体和离子(金属离子)。
![](http://tiebapic.baidu.com/forum/w%3D580/sign=30d25cd9f51c8701d6b6b2ee177e9e6e/9b24bd2f0708283801913e29fe99a9014d08f1cf.jpg?tbpicau=2024-09-19-05_7c41ef3f73f41dc6b722a69b4e96a736)
将MYC和PRMT5的蛋白质序列序列输入,点击”Continue and preview job”。
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点击“Confirm and submit job”即可提交作业,一般运行约10 分钟左右。
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第三步,结果。MYC和PRMT5互作预测结果。点击“Download”可下载数据。颜色越蓝表示预测的置信度越高,越橙则越低。
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注:pLDDT:基于 0-100 量表的每个原子置信度估计,其中较高的值表示置信度较高。pTM 和 ipTM 分数:预测模板建模(pTM)分数和界面预测模板建模(ipTM)分数均来自称为模板建模(TM)分数的度量。pTM 分数高于 0.5 表示整体预测的复合物折叠可能与真实结构相似。ipTM 衡量复合物内亚基相对位置的预测准确性,高于 0.8 的值表示置信度高的高质量预测,而低于 0.6 的值则表明可能是失败的预测。ipTM 分数在 0.6 到 0.8 之间为灰色区域,预测可能正确或不正确。对于小结构或短链,TM 分数非常严格,因此当涉及少于 20 个标记时,pTM 分数赋值低于 0.05;在这些情况下,PAE 或 pLDDT 可能更能指示预测质量。
这些cif文件可以用PyMol类似的软件打开,然后进行后续分析。
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AlphaFold3给蛋白质互作预测提供了新的方法和工具。如遇AlphaFold3实操问题,
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