1.成分复杂：含有多种有机物，如药物成分、中间体、溶剂等，可能还有各类无机物。
2.高浓度：有机物和污染物浓度通常较高。
3.难降解物质多：存在一些结构复杂、难以被普通微生物降解的物质。
4.毒性较大：部分成分可能具有生物毒性，对微生物和生态环境有潜在危害。
5.盐分含量较高：生产过程中可能引入较多盐分。
6.可生化性差异大：不同类型医药废水的可生化性有所不同。
7.波动大：水质水量随生产批次、工艺等因素波动较为明显。
高效复合菌微生物技术很好的解决了这类难题，它可以适应有毒的环境，耐高盐，降解B/C接近于0的废水