在30世纪的地球,努力拓展生活领域的人类,对宇宙移民怀抱希望,并发展出机械化的高科技生命延续技术,也因为投入过度热诚的关系,思想产生严重扭曲。当时移民者认为拥有钢铁般的身体就等于拥有永恒的生命,因而努力将自己改造成合成人(半机械人),单方面认为原地球人会威胁他们。另一方面,地球人提倡尊重大自然的规律反对以物理方式延续寿命,便向宇宙移民者宣战,最后因科技不如宇宙移民者而战败接受统治。在这个战乱的时空背景下,地球上出现了一位具有反抗能力的地球军舰队司令零(WARRIORS ZERO),他与在太空中四处活动目的不明的宇宙海盗哈洛克、想逮捕他的美丽赏金女猎人会产生怎样的纠葛?整个事件背后又是谁在蠢蠢欲动?
宇宙保卫战已经到了决定性阶段,零兵行险着,企图迫近“海格拉斯”号进行近距离攻击,无奈始终奈何不了敌方的“重力系统”,形势非常危急。此时玛莉娜无意中发现敌方要塞在发炮攻击时,“重力系统”会有短暂停止运作的时间,零准备把握这个间隙,将敌军歼灭。零更暂时放下歧见联络哈洛克(即《宇宙海盗哈洛克》的主人公哈洛克),希望与哈洛克的舰队联合行动,集中火力击毁“海洛拉斯号”……