顶一下，另外我把画黑线的部分在记事本里直接删掉了，后续可以打开f4se再打开游戏了，就是打开mo时会弹这么一个弹窗，要再把mo的弹窗里提到的东西删掉吗？

根据报错信息，判断你正在使用RootBuilder。
RootBuilder是一个部署工具。一般情况下，使用MO2时你只能把文件部署到“Data”文件夹，但在使用RootBuiler时，Mod存储目录中含有的"Root"文件夹内的文件将被部署至根目录。省去了经常修改根目录的麻烦，也能使游戏目录保持整洁。
但这玩意不是那么好用。有时由于没有设置部署排斥之外的文件，根目录内（非“Data”文件夹）的游戏文件会被移动至“Overwrite”文件夹内；手动安装的Mod、拍照模式Mod的“Photos”文件夹和ENB文件是上述文件夹的常客。
也就是说，RootBuilder只认在其忽略部署范围之内的文件，其他文件一律扔到MO2的“Overwrite”文件夹内。如果你的根目录内出现了出现了文件失踪，不是被学院抓走了，而是被RootBuilder拘留了（搞什么，随便往根目录塞点东西都要报备是吧）。
更蠢的一点是，它的部署文件能力不好，而且非常容易导致MO2崩溃。以我为例，我的MO2和游戏都装在一个固态硬盘内，"Root"文件夹内只有几个需要部署的文件（F4SE, Fallout4Launcher），打开每次启动部署文件模式必崩溃；手动点击“部署”键花了十几秒部署完毕，但移除部署的文件必导致MO2崩溃。
不少报告称RootBuilder使游戏无法启动。这一般是因为启动游戏时RootBuilder会重新部署一次文件，然后它那烂到家的文件部署功能经常报错，如果没报错也会把游戏卡住。
所以，可以把RootBuiler删了。要删除它，找到你的MO2软件根目录，在MO2\Plugins找到"RootBuilder"文件夹，删除它。
现在，你需要手动部署原本为RootBuilder负责部署的文件。在MO2“数据”一栏下，找到“Root”文件夹，把里面的文件复制或剪切到根目录，部署完成。