CoIP-Mass和CoIP-WB检测要点：
（1）试验设计：尽量进行试验组别设计和进行生物学重复检测，提高后续验证的阳性率。常规过表达单组（Ab IP vs IgG IP）；动态互作组学（实验组vs对照组vs Ig组）。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以CoIP-Mass数据进行互作组标准分析，则需要3-4组生物学重复；如果后续以寻找关键互作蛋白，进行机制深入研究，则建议1-2次生物学重复。经验显示单次重复假阳性率90%。
（2）蛋白表达和细胞量：细胞用量要求大(2-10e7细胞量），建议不少于5e7（金标准：320g离心细胞量50μl，保障项目用量）。低表达蛋白，建议使用过表达组进行检测。蛋白表达可根据WB结果或初步根据数据库判定（Proteomics DB，https://www.proteomicsdb.org；Human Protein Atlas，https://www.proteinatlas.org/）。
（3）抗体关键质控：抗体特异性和亲和效价要求高，尽量采用标签抗体或经过CoIP效果验证的抗体。抗体质量参差不齐（WB能检测到预期条带不到1/2，能检测到良好结果的不到1/4）和存在非特异性结合（几乎所有的抗体都存在非特异结合，部分非特异结合条带远大于目的条带），CoIP-MS需做WB和CoIP-WB质控。初次和检测CoIP都需要做WB质控。正式CoIP可同时增加考染/银染质控。抗体可参考数据库（Validated Antibody DB, https://www.labome.com/index.html)。
（4）IP送样建议：IP质谱后需用PBS清洗去除NP40等去垢剂，不建议对蛋白进行洗脱处理送样，避免丢失互作蛋白信息。
（5）互作蛋白筛选和验证：数据分析以非标定量信号强度（LFQ intensity和FC>10）作为强阳筛选，以文献查阅，功能匹配，批量CoIP-WB验证，提高验证成功率。理想CoIP-MS结果的蛋白定量都到超过1000种蛋白。其中绝大部分蛋白为非特异结合或背景蛋白。以目的蛋白的富集信号强度和差异倍数作为参考（相对强信号和差异），分析实验组中明显定量较高且差异较大的蛋白，作为重要候选蛋白。同时对重要候选蛋白进行STRING互作分析，文献分析，目的蛋白功能匹配分析，选择Top的4-5个蛋白进行CoIP-WB验证，提高CoIP-WB成功率。
（1）试验设计：尽量进行试验组别设计和进行生物学重复检测，提高后续验证的阳性率。常规过表达单组（Ab IP vs IgG IP）；动态互作组学（实验组vs对照组vs Ig组）。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以CoIP-Mass数据进行互作组标准分析，则需要3-4组生物学重复；如果后续以寻找关键互作蛋白，进行机制深入研究，则建议1-2次生物学重复。经验显示单次重复假阳性率90%。
（2）蛋白表达和细胞量：细胞用量要求大(2-10e7细胞量），建议不少于5e7（金标准：320g离心细胞量50μl，保障项目用量）。低表达蛋白，建议使用过表达组进行检测。蛋白表达可根据WB结果或初步根据数据库判定（Proteomics DB，https://www.proteomicsdb.org；Human Protein Atlas，https://www.proteinatlas.org/）。
（3）抗体关键质控：抗体特异性和亲和效价要求高，尽量采用标签抗体或经过CoIP效果验证的抗体。抗体质量参差不齐（WB能检测到预期条带不到1/2，能检测到良好结果的不到1/4）和存在非特异性结合（几乎所有的抗体都存在非特异结合，部分非特异结合条带远大于目的条带），CoIP-MS需做WB和CoIP-WB质控。初次和检测CoIP都需要做WB质控。正式CoIP可同时增加考染/银染质控。抗体可参考数据库（Validated Antibody DB, https://www.labome.com/index.html)。
（4）IP送样建议：IP质谱后需用PBS清洗去除NP40等去垢剂，不建议对蛋白进行洗脱处理送样，避免丢失互作蛋白信息。
（5）互作蛋白筛选和验证：数据分析以非标定量信号强度（LFQ intensity和FC>10）作为强阳筛选，以文献查阅，功能匹配，批量CoIP-WB验证，提高验证成功率。理想CoIP-MS结果的蛋白定量都到超过1000种蛋白。其中绝大部分蛋白为非特异结合或背景蛋白。以目的蛋白的富集信号强度和差异倍数作为参考（相对强信号和差异），分析实验组中明显定量较高且差异较大的蛋白，作为重要候选蛋白。同时对重要候选蛋白进行STRING互作分析，文献分析，目的蛋白功能匹配分析，选择Top的4-5个蛋白进行CoIP-WB验证，提高CoIP-WB成功率。
